Cidades:
O Japan Rail Pass não lhe permite viajar em metrôs ou tranvias urbanos. No entanto, a maior parte das grandes cidades têm algumas linhas JR que pode usar para visitar (Osaka Loop ou linha Kanjo, linha Yamanote de Tóquio, etc...)
Outros:
É possível pegar um tren noturno com o Japan Rail Pass, mas este não é válido para as carruagens com camas, as carruagens privadas dos trens noturnos e os compartimentos especiais, para os quais é preciso pagar um suplemento.
Se, no seu itinerário, o trem JR utilisar as vias de uma outra operadora privada, mesmo com o passe deverá pagar essa parte da viagem. O pagamento pode ser efetuado na estação, antes de entrar, ou a bordo.
Por exemplo, para ir de Shijuku ou de Ikebukuro até Nikko, há um trem que faz a ligação entre essas estações JR da capital e a estação Tobu de Nikko.
O tren sai das vias JR em Kurihashi para entrar nas vias Tobu. O trajeto custa 3 900 yens, mas os detentores do Japan Rail Pass só pagarão a porção Kurihashi-Nikko, ou seja, 1 560 yens.
